高等教育研究所成立于1980年10月，当时称为高等教育研究室。1985年6月13日，高等教育研究室扩充改建为高等教育研究所；2000年12月16日教育科学研究院成立后，高等教育研究所为研究院下属研究所之一。现有高等教育学硕士学位点和高等教育学博士学位点，高等教育学是湖北省重点学科。
    该所主要开展高等教育理论与政策研究，尤以大学文化素质教育、大学教育思想、院校管理与发展研究闻名，在国内有重要影响。现承担包括全国教育科学十五规划重点课题、教育部新世纪教学改革工程项目课题、全国学位与研究生教育发展中心十五重点科研课题、湖北省教育科学重点课题、福特基金会国际合作课题等在内的科研项目20余项。近期确立的重点研究方向为高等教育学学科建设研究、现代大学制度研究、大学文化素质教育研究、研究型大学与世界一流大学研究、学位与研究生教育研究。
    该所开设的硕士研究生课程主要有：高等教育学、高等教育管理学、中外高等教育史、大学德育论、比较高等教育、高等教育改革与发展专题研究、高等教育科学研究方法等；开设的博士研究生课程主要有：高等教育学专题研究、高等教育管理专题研究、大学德育专题研究、教育哲学专题研究等。
    现任所长为贾永堂教授。